O sistema de arquivo utilizado pela pen drive é o FAT/FAT 32. Você pode visualizar o sistema de arquivo da sua pen drive utilizando o Gerenciamento de disco do Windows XP. Acesse: Painel de Controle --> Ferramentas administrativas --> Gerenciamento do computador --> Gerenciamento de disco. Também pode visualizar pelo Windows Explorer: posicione o ponteiro do mouse sobre a letra da unidade removível e clique com o botão direito do mouse, acesse Propriedades.
Para formatar escolhendo a primeira opção, você deverá clicar com o botão direito do mouse sobre a caixa do disco removível e selecionar "Formato..", uma nova janela se abrirá com as seguintes opções: Rótulo e volume, Sistema de arquivos, Tamanho da unidade de alocação e Executar uma formatação rápida.
Rótulo do volume: escolha um nome para identificar sua unidade removível.
Sistema de arquivos: escolha o sistema de arquivos FAT ou FAT 32. Mas vamos discutir um poucos mais sobre esses dois sistemas de arquivo:
O FAT ou FAT 16 é um sistema de arquivo que tem uma limitação de 2 GB por partição, ou seja, se você deseja criar e formatar uma partição com mais de 2 GB o sistema indicado será o FAT 32. Mas a minha pen drive tem somente 512 MB de capacidade? Ok. Não impedirá o uso do sistema de arquivos FAT, porém o sistema de arquivo FAT 32 formata a unidade com um padrão de cluster menor (medido em bytes), quanto menor o cluster maior será o espaço em disco disponível na sua pen drive. Você também poderá escolher um tamanho de cluster personalizado para formatação, mas o mais indicado é manter o tamanho padrão. Um ponto importante que deve ser observado é a performance, pois um padrão de formatação com cluster demasiadamente pequeno pode ocasionar redução na performance. Neste último ponto o FAT 16 tem uma melhor performance do que o FAT 32.
O NTFS é um outro tipo de sistema de arquivos não usual para as memórias pen drive.
Tamanho da unidade de alocação: mantenha a opção padrão ou personalize se você for um usuário avançado. Lembre-se do cluster.
Executar uma formatação rápida: mantenha a caixa vazia, sem seleção. A formatação rápida é indicada apenas como forma de delatar/limpar os dados da memória de forma efetiva.
Faça isto e terá seu pendrive novo em folha.
P.S. Achei a dica neste site: http://www.pendrivenet.com.br/dicas.asp?id_dica=130&chave_tecnica=uni